摘要：【目的】通過多個雙孢蘑菇菌株不同發育階段的差異轉錄組分析,為進一步驗證雙孢蘑菇發育相關基因及探討其分子機理奠定基礎。【方法】對雙孢蘑菇主栽品種As2796及其親本02、8213,其回交子代W192,以及國外野生菌株ARP159、國內野生菌株AgLH830共6個具有重要代表性的菌株子實體原基期、幼菇期、采摘期、開傘期等4個不同發育階段共24個樣品進行轉錄組測序,并與雙孢蘑菇參考基因組序列進行比對,根據比對結果進行各基因在不同樣品中的表達量分析及差異表達基因識別,發掘新基因與共同基因的差異表達,并進行各數據庫的基因功能注釋。【結果】結果共鑒定到10 660個轉錄本,發掘新基因677個,其中237個得到功能注釋。與原基期相比,6個菌株在幼菇期、采摘期和開傘期分別有49、82、73個共同差異表達基因,其中有13個是相同的基因。【結論】發現了一批在雙孢蘑菇子實體不同發育階段具有顯著差異表達的基因,篩選出不同菌株不同階段的共有差異基因,對雙孢蘑菇子實體發育中重要的差異基因進行了注釋與探討。