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南酸棗轉(zhuǎn)錄組SSR序列特征分析及其分子標(biāo)記開發(fā)

谷振軍; 楊春霞; 丁偉; 李康琴; 黃寶祥 江西省林業(yè)科學(xué)院; 江西南昌330013
  • 南酸棗
  • 轉(zhuǎn)錄組
  • 高通量測序
  • ssr標(biāo)記

摘要:為了開發(fā)南酸棗植物的微衛(wèi)星分子標(biāo)記,本研究基于Illumina-HiSeq2000測序平臺對南酸棗葉片和果實(shí)的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行高通量測序。利用MISA軟件對獲得的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫進(jìn)行搜索與分析,共鑒別出15168個(gè)SSR位點(diǎn),SSR位點(diǎn)的發(fā)生頻率為25.52%,平均分布距離3.98kb,以單核苷酸重復(fù)類型相對比例最高,占總數(shù)的62.32%,二核苷酸重復(fù)類型和三核苷酸重復(fù)類型分別占18.74%和17.47%。利用GenScript在線軟件設(shè)計(jì)出150對SSR引物,以不同來源南酸棗4個(gè)無性系DNA樣品對150對SSR引物進(jìn)行擴(kuò)增效率檢驗(yàn),發(fā)現(xiàn)有115對引物可擴(kuò)增出清晰條帶,其中25對引物具有多態(tài)性。本研究結(jié)果表明,利用高通量測序技術(shù)開發(fā)南酸棗SSR分子標(biāo)記是一種簡單而高效的途徑,可為南酸棗的居群遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)以及種質(zhì)資源鑒定研究奠定基礎(chǔ)。

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南方林業(yè)科學(xué)

  • 預(yù)計(jì)1個(gè)月內(nèi) 預(yù)計(jì)審稿周期
  • 0.6 影響因子
  • 農(nóng)業(yè) 快捷分類
  • 雙月刊 出版周期

主管單位:江西省林業(yè)局;主辦單位:江西省林業(yè)科學(xué)院;江西省林學(xué)會

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