首頁(yè) > 期刊 > 人文社會(huì)科學(xué) > 社會(huì)科學(xué)II > 教育綜合 > 南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)·自然科學(xué)版 > 基于全基因組序列的核桃細(xì)菌性黑斑病菌分泌蛋白的預(yù)測(cè)及特征分析 【正文】
摘要:【目的】充分了解核桃黑斑病菌的侵染機(jī)制。【方法】以全基因組序列已經(jīng)公布的7個(gè)核桃細(xì)菌性黑斑病菌菌株CFBP2528、CFBP7179、CFBP8253、DW3F3、J303、NCPPB1447、Xaj417等所具有的蛋白序列為預(yù)測(cè)數(shù)據(jù),基于分泌蛋白所具有的主要特征,利用SignalP v4.1、ProtCompB v9.0、TMHMM v2.0、big-PI Fungal predictor、TargetP v1.1、LipoP v1.0等在線分析程序?qū)Ψ置诘鞍走M(jìn)行預(yù)測(cè),同時(shí)分析其氨基酸組成及分布、信號(hào)肽長(zhǎng)度、信號(hào)肽切割位點(diǎn)等特征。【結(jié)果】核桃細(xì)菌性黑斑病菌的分泌蛋白平均為74個(gè),其氨基酸長(zhǎng)度多集中于101~400氨基酸,所占比例為63.65%。信號(hào)肽氨基酸殘基中以A最多,所占比例為22.04%;其次是L,所占比例為19.27%。信號(hào)肽長(zhǎng)度以19~29個(gè)氨基酸的最多,所占比例為79.62%,信號(hào)肽切割位點(diǎn)屬于A-X-A類(lèi)型。【結(jié)論】核桃細(xì)菌性黑斑病菌中分泌蛋白的有效預(yù)測(cè),可為深入解析核桃細(xì)菌性黑斑病菌中分泌蛋白在侵染過(guò)程中所發(fā)揮的功能提供理論依據(jù)。
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主管單位:江蘇省教育廳;主辦單位:南京林業(yè)大學(xué)
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