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大黃魚雌雄性腺長鏈非編碼RNA的挖掘與差異分析
王偉佳; 韓兆方; 李完波; 王志勇 集美大學(xué)農(nóng)業(yè)農(nóng)村部東海海水健康養(yǎng)殖重點實驗室; 福建廈門361021; 青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點國家實驗室; 海洋漁業(yè)科學(xué)與食物產(chǎn)出過程功能實驗室; 山東青島266071
- 大黃魚
- 性腺
- lncrna
- 性別分化
摘要：為探究長鏈非編碼RNA在大黃魚性腺發(fā)育與分化中的作用,從雌雄各3尾大黃魚(Larimichthys crocea)的性腺中提取總RNA,進(jìn)行去除rRNA的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組建庫和二代測序。將測序數(shù)據(jù)比對到大黃魚參考基因組,經(jīng)比對、組裝共得到來自31675個基因的66088個轉(zhuǎn)錄本,嚴(yán)格篩選得到來自3984個基因位點的5162條lncRNA。進(jìn)一步分析獲得了在大黃魚雌雄性腺中差異表達(dá)的mRNA 9341個,lncRNA 2782個,高度相關(guān)的lncRNA-mRNA對1227個;有多個lncRNA靶向已知的性別分化和發(fā)育相關(guān)基因,其中l(wèi)ncRNA MSTRG.24346與大黃魚的性別決定候選基因dmrt1距離相近,且相關(guān)性極顯著。該研究表明lncRNA可能在大黃魚性別分化中起到重要作用,值得深入研究闡明機(jī)制。
- 大黃魚
- 性腺
- lncrna
- 性別分化
摘要：為探究長鏈非編碼RNA在大黃魚性腺發(fā)育與分化中的作用,從雌雄各3尾大黃魚(Larimichthys crocea)的性腺中提取總RNA,進(jìn)行去除rRNA的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組建庫和二代測序。將測序數(shù)據(jù)比對到大黃魚參考基因組,經(jīng)比對、組裝共得到來自31675個基因的66088個轉(zhuǎn)錄本,嚴(yán)格篩選得到來自3984個基因位點的5162條lncRNA。進(jìn)一步分析獲得了在大黃魚雌雄性腺中差異表達(dá)的mRNA 9341個,lncRNA 2782個,高度相關(guān)的lncRNA-mRNA對1227個;有多個lncRNA靶向已知的性別分化和發(fā)育相關(guān)基因,其中l(wèi)ncRNA MSTRG.24346與大黃魚的性別決定候選基因dmrt1距離相近,且相關(guān)性極顯著。該研究表明lncRNA可能在大黃魚性別分化中起到重要作用,值得深入研究闡明機(jī)制。
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中國水產(chǎn)科學(xué)
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